Według większości osób zaczynających przygodę z komputerem przenośnym do wad zalicza się niewygodna klawiatura i problemy z touchpadem. Poważną wadą laptopów jest wyższa awaryjność, wynikająca z niewielkich rozmiarów i narażenie na uszkodzenia przy przenoszeniu. Bardzo awaryjnym elementem są baterie. Obecnie produkowane laptopy pozbawione są także portu LPT i RS232.


Komputery przenośne posiadają także niższą wydajność od komputerów stacjonarnych, co wynika głównie z konieczności zapewnienia niskiego poboru prądu i zapewnienia chłodzenia. Niższą wydajność mają także dyski twarde - urządzenia 2.5" (czasem 1,8"), które ustępują parametrami typowym 3.5" w komputerach stacjonarnych. W komputerach typu laptop nie spotka się np. najnowszych kart graficznych, dysków 10.000 RPM czy procesorów Extreme Edition.


Laptopy są niezwykle trudne w rozbudowie i w zasadzie nie nadają się do modernizacji poza rozbudową pamięci, wymianą dysku, zmianą karty WiFi. W najnowszych modelach można wymienić procesor, ponieważ jest montowany w podstawkach, a nie wlutowywany jak w starszych modelach.